O Ministro do Superior Tribunal Federal - STF, Marco Aurélio, decidiu pelo desmembramento do inquérito 3.784, que investiga os crimes da Operação Miqueias. A operação investiga uma quadrilha suspeita de pagamento de propina para captação de recursos de pensão em estados e municípios. O deputado federal tocantinense Eduardo Gomes (SDD) é citado no processo juntos com os deputados Waldir Maranhão (PP/MA), Taumaturgo Lima Cordeiro (PT/AC) e Fernando Torres (PSD/BA).
A relação de Gomes com o doleiro Fayed Trabolusi, tido com líder e organizador do esquema, levam a supostas negociações envolvendo o Instituto de Gestão Previdenciária do Tocantins – Igeprev e prefeitos de municípios tocantinenses.
Com o desmembramento do Processo, só serão julgados pelo STF os envolvidos quem tem foro privilegiado como é o caso do deputado Eduardo Gomes. O processo deu entrada no STF no dia 08 de outubro de 2013, e desde que assumiu a relatoria do caso o Ministro Marco Aurélio já vinha se posicionando pelo desmembramento.